התוכנית של שנה ב' היא למעשה לחיות וללמוד בבית מדרש ישראלי. השאיפה שלנו היא שבית המדרש יהיה מקום שבו עוסקים באיך להפוך את את החברה שאנו חיים בה למקום טוב יותר, ואת עצמנו לאנשים טובים, ביקורתיים ומעורבים יותר.

התוכנית היא כחצי שנה ומיועדת לאלו שהחשיפה ששנה א' העניקה להם רק הגבירה את הצמא שלהם לידע וללימוד. השנה מורכבת ברובה משבועות "שגרה" שבהם החניכים לומדים בקורסים שמלווים אותם לאורך כל התוכנית. לכל קורס כזה ישנם בדרך כלל חומרי קריאה שצריך להכין ולחשוב עליהם לפני השיעור, לכן חלק נכבד מהלוז הוא לימוד של טקסטים בחברותות.

הקורסים הנלמדים בבית המדרש נוגעים לעמודים השונים המרכיבים את התרבות הישראלית: הגות יהודית, הגות ציונית, מקרא ותלמוד, פילוסופיה מערבית, ספרות עברית, מדיניות ציבורית ועוד.