תוכנית שנה ב' – בית מדרש ישראלי – מתקיימת בכפר הנוער עיינות. השאיפה שלנו היא שבית המדרש יהיה מקום שבו עוסקים בשאלה איך הופכים את החברה שאנו חיים בה למקום טוב יותר, ואת עצמנו לאנשים טובים, ביקורתיים ומעורבים יותר.

משך התוכנית כחצי שנה והיא מיועדת לחניכים שסיימו שנה א' בכל אחת מהמכינות הקדם צבאיות ומעוניינים להעמיק ידע. השנה מורכבת ברובה משבועות "שגרה" שבהם החניכים לומדים בקורסים שמלווים אותם לאורך כל התוכנית.

הקורסים הנלמדים בבית המדרש נוגעים לעמודים השונים המרכיבים את התרבות הישראלית: הגות יהודית, הגות ציונית, מקרא ותלמוד, פילוסופיה מערבית, ספרות עברית, מדיניות ציבורית ועוד.